（局番：Ｓ−Ａ４５０ いすゞＫＣ−ＬＶ２８０Ｌ改＋ＩＫＣ 江東区東雲付近）
ディーゼルエンジンで動くバスの燃料は軽油、つまり石油ということになるわけですが、それに代わる燃料として注目を浴びているのが天然ガスです。石油と比べて埋蔵量が豊富なこともさることながら、排出される排気ガスが窒素酸化物・一酸化炭素・二酸化炭素・炭化水素が低減したり硫黄酸化物が発生しないなど、クリーンであることが最大の利点となっています。ガス自体は都市部で普及している都市ガスそのものでして、都市ガス網が完備されている都区部ではガス充填施設を設けさえすればＣＮＧ（圧縮天然ガス）自動車を導入する事ができます。
現在のところ、CNGバスはいすゞ・日産ディーゼル・三菱が商品化しており、都営ではいすゞ・日産ディーゼル製のバスをA代から投入しています。ガス充填施設のある営業所は深川・臨海・北で、そのうちいすゞ製ＣＮＧバスは深川・臨海に配置されており、Ｄ代までに３４台が活躍しています。
（局番：Ｓ−Ａ４５０ いすゞＫＣ−ＬＶ２８０Ｌ改＋ＩＫＣ 江東区東雲付近）
いすゞ製ＣＮＧ車としては第一号となったＳ−Ａ４５０、初めて営業所内にガス充填施設を設けた深川営業所に所属している。Ｖ８エンジン搭載のＬＶ２８０／３８０シリーズそのものはＢ代からの投入となっているが、このＳ−Ａ４５０では早くもＬＶ２８０Ｌを名乗り、構造もＬＶ２８０／３８０系そのものになっている。もちろん、Ａ代でＬＶ２８０／３８０系はこの１台だけである。（ＬＶ２８０／３８０系なのに、車体製造がＩＫＣになっているのは珍しい。また、Ｂ代いすゞ＋いすゞ車でのみ採用されているコーナリングランプもなぜか付いている。限りなくＢ代車に近いバスと言えるかもしれない。）
なお、車体側面後部の「圧縮天然ガスバス」の表記の下にはＣＮＧ車導入に協力したと思われる「TOKYO GAS」（東京ガス）の文字が入っているが、この表記があるのはＳ−Ａ４５０と日産ディーゼル製ＣＮＧ車のＳ−Ａ４７５だけである。
（S−A４５０の側面 「ＴＯＫＹＯ ＧＡＳ」の文字に注目）
（局番：Ｓ−B６１２ いすゞＮＥ−ＬＶ２８８Ｌ＋いすゞ 江東区東雲付近）
型式認定後に投入されたモデルで、既にガス充填施設がある深川と加えて新たに施設を設けた臨海へ計９台投入された。Ｓ−Ａ４５０と似たようなスタイルだが、細かい仕様がＢ代のものとなり、側面方向幕下のガラスが横引きとなっている。
（局番：Ｓ−Ｃ２３９ いすゞＮＥ−ＬＶ２８８Ｌ＋いすゞ 中央区晴海付近）
Ｃ代車では屋根上のコンデンサの形状・コーナリングランプの廃止・ホイールベース間の巻き込み防止柵設置などの若干の変更が加えられた。やはり深川・臨海に計９台投入された。Ｃ代では日産ディーゼル製ＣＮＧ車と共にガスボンベの容量が増やされている。ちなみに、Ｂ代までは両営業所には日産ディーゼル製ＣＮＧ車も投入されていたが、Ｃ代では日産ディーゼル車指定配置営業所である北にガス充填施設が設けられてそちらに集中投入が行われたので、Ｃ代以降の両営業所のＣＮＧ車はいすゞ製のみの投入となった。
（局番：Ｓ−Ｄ２６４ いすゞＮＥ−ＬＶ２８８Ｌ＋いすゞ 江東区東雲付近）
深川・臨海へ計１２台投入されたＤ代は外見上Ｃ代と差異は殆どないが、側面方向幕下のガラスは横引き風ながら固定となっている。（ＣＨＡＳＳＥ・らくらくステップのこの部分は１枚固定窓となっている。）ちなみに、深川投入車へは臨海副都心（レインボータウン）地区の主要信号をバス優先コントロールができるセンサーと無線装置を設置していることもあり、主として虹０１系統で使用される事が多い。（他に両装置を設置しているのは、虹０１系統を担当する目黒営業所港南車庫常駐車と同じく港南車庫常駐の快速バス用車である。）
（局番：Ｓ−Ｅ３５３ いすゞＮＥ−ＬＶ２８８Ｌ＋いすゞ 江東区東雲駅前）
平成１０年１２月に投入された最新鋭のＥ代車で深川・臨海に投入された。側面方向幕下のガラスが１枚固定式（ただし、Ｓ−Ａ４５０やＤ代ＣＨＡＳＳＥ・らくらくステップとは異なる固定方法で、方向幕部と一体ガラスになっているようだ。）・前照灯間の「低公害車」行灯の廃止と代替のステッカーの貼付・ホイールの銀色化（無塗装か？）などいくつか変更点がある。